Das Journal of Natural Products Chemistry & Research folgt einem doppelblinden Peer-Review-System. Unabhängige Forscher in verwandten Forschungsbereichen bewerten die Originalität, Gültigkeit und Relevanz der eingereichten Manuskripte, um Herausgebern bei der Entscheidung zu helfen, ob das Manuskript in der Zeitschrift veröffentlicht werden sollte. Das eingereichte Manuskript wird im Allgemeinen von zwei oder mehr Experten begutachtet, die gebeten werden, zu beurteilen, ob das Manuskript wissenschaftlich fundiert und konsistent ist, ob es mit veröffentlichten Arbeiten übereinstimmt und ob das Manuskript klar genug für eine Veröffentlichung ist.
Jedes eingereichte Manuskript wurde einer vorläufigen Qualitätskontrolle durch die Redaktion unterzogen, gefolgt von einem externen Peer-Review-Verfahren. Normalerweise ist die vorläufige Qualitätskontrolle innerhalb von 7 Tagen abgeschlossen und bezieht sich hauptsächlich auf die Formatierung der Zeitschrift, die englische Sprache und den Umfang der Zeitschrift.